Jupyter 自救日记(2)云端运行 Jupyter Notebook / Lab (R kernel) / RStudio: Binder & GitHub

继续折腾 Jupyter。
看了如何用 iPad 运行 Python 代码?这篇文章之后,我心潮澎湃,自己也来搞一下。

初始化本地 GitHub 环境

我其实一直觉得 GitHub 不适合我这种懒人。然而发现一篇文章讲得真的很好,行文风格完全符合我对这种类型的说明文的想象,遂从善如流。
总结一下:
  1. 在 GitHub 上新建一个 repository,initialize with readme
  2. 安装 GitHub Desktop
  3. 选择 Clone A Repository,选择刚建好的
  4. 在本地目录里显示克隆好的空 repository
  5. 把需要的文件拖进去
  6. 在 GitHub Desktop 里 Commit
  7. 在 GitHub Desktop 里 Push origin
以后每次需要添加本地文件的时候,打开 GitHub Desktop,Pull / Fetch origin,再重复步骤 5 ~ 7 就可以了。
或者你可以 fork 我的 repository,然后随便改改。

Binder 可以做什么,不可以做什么

Binder 可以:
  • 在浏览器内运行 Jupyter Notebook / Lab(Python / R kernel),RStudio 等软件(1G RAM)
  • 加载 Jupyter Notebook extensions
  • 加载 R 包
  • 读取、编译、运行 GitHub 上的 .ipynb 文件
  • 分享链接给任何人
Binder 不可以
  • Commit to GitHub(参考
  • 一直开着(连续 10 分钟不使用会自动掉线)
即是说,就算在 Binder 里新建 / 修改 / 保存了文件,关闭之后再次打开是会消失的。
解决方法是在 Binder 里修改了文件之后,点 File > Download as > Notebook,把下载的文件放到 GitHub 的本地文件夹里,再 Commit + Push 就可以了。
然而由于 Binder 的 launch 机制是在 Docker 上创建 repository 的快照,所以所有更改都只有到下一次 launch Binder 的时候才会生效。

一些重要文件

这些文件(保留文件名)需要事先放在 GitHub 的 repository 里才能起作用。(参考

runtime.txt:初始化 R kernel(必要,第一次用修改成当天日期,以后除非出问题就不要改了)

requirements.txt:加载额外文件、extension(参考1参考2

postBuild:加载 extension

install.R:加载 R 包,这里是我最近在学的包

运行 Binder

  1. 打开 mybinder.org 
  2. URL 填刚才放好了文件的 GitHub repository 的网址
  3. branch 可以不填,默认 master
  4. 复制生成好的链接,可以重复使用
  5. 把徽章复制到 GitHub repository 的 README.md 里
  6. 点 launch
等的时长看人品,如果放了太多 R 包很容易出错。一旦 launch 成功一次,下次就会很快了。

运行 Jupyter Lab / RStudio

Binder launch 成功后应该出现 Jupyter Notebook 的 Home 页面。网址最后有个 /tree,改成 /lab 回车进入 Jupyter Lab,改成 /rstudio 回车进入 RStudio。(参考

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