Jupyter 自救日记（2）云端运行 Jupyter Notebook / Lab (R kernel) / RStudio： Binder & GitHub

继续折腾 Jupyter。
看了如何用 iPad 运行 Python 代码？这篇文章之后，我心潮澎湃，自己也来搞一下。

初始化本地 GitHub 环境

我其实一直觉得 GitHub 不适合我这种懒人。然而发现一篇文章讲得真的很好，行文风格完全符合我对这种类型的说明文的想象，遂从善如流。
总结一下：

1. 在 GitHub 上新建一个 repository，initialize with readme
2. 安装 GitHub Desktop
3. 选择 Clone A Repository，选择刚建好的
4. 在本地目录里显示克隆好的空 repository
5. 把需要的文件拖进去
6. 在 GitHub Desktop 里 Commit
7. 在 GitHub Desktop 里 Push origin

以后每次需要添加本地文件的时候，打开 GitHub Desktop，Pull / Fetch origin，再重复步骤 5 ~ 7 就可以了。
或者你可以 fork 我的 repository，然后随便改改。

Binder 可以做什么，不可以做什么

Binder 可以：

• 在浏览器内运行 Jupyter Notebook / Lab（Python / R kernel），RStudio 等软件（1G RAM）
• 加载 Jupyter Notebook extensions
• 加载 R 包
• 读取、编译、运行 GitHub 上的 .ipynb 文件
• 分享链接给任何人

Binder 不可以：

• Commit to GitHub（参考）
• 一直开着（连续 10 分钟不使用会自动掉线）

即是说，就算在 Binder 里新建 / 修改 / 保存了文件，关闭之后再次打开是会消失的。
解决方法是在 Binder 里修改了文件之后，点 File > Download as > Notebook，把下载的文件放到 GitHub 的本地文件夹里，再 Commit + Push 就可以了。
然而由于 Binder 的 launch 机制是在 Docker 上创建 repository 的快照，所以所有更改都只有到下一次 launch Binder 的时候才会生效。

一些重要文件

这些文件（保留文件名）需要事先放在 GitHub 的 repository 里才能起作用。（参考）

runtime.txt：初始化 R kernel（必要，第一次用修改成当天日期，以后除非出问题就不要改了）

requirements.txt：加载额外文件、extension（参考1，参考2）

postBuild：加载 extension

install.R：加载 R 包，这里是我最近在学的包

运行 Binder

1. 打开 mybinder.org 
2. URL 填刚才放好了文件的 GitHub repository 的网址
3. branch 可以不填，默认 master
4. 复制生成好的链接，可以重复使用
5. 把徽章复制到 GitHub repository 的 README.md 里
6. 点 launch
7. 等

等的时长看人品，如果放了太多 R 包很容易出错。一旦 launch 成功一次，下次就会很快了。

运行 Jupyter Lab / RStudio

Binder launch 成功后应该出现 Jupyter Notebook 的 Home 页面。网址最后有个 /tree，改成 /lab 回车进入 Jupyter Lab，改成 /rstudio 回车进入 RStudio。（参考）